La existencia de la Prefectura Bahía Blanca se remonta al siglo pasado, siendo la segunda en instalarse en la costa atlántica, después de la de Carmen de Patagones. En el año 1829 comienza a funcionar, en un recodo del Napostá que se utilizaba como desembarcadero, la Subdelegación Marítima Bahía Blanca, primer antecedente histórico de la actual Prefectura.
En el año 1862 toma forma de ente jurídico al dictarse el decreto del Presidente Bartolomé Mitre mediante el cual se crea el "Reglamento de la Policía Marítima de los Puertos y Ríos de la Nación Argentina", y el 31 de enero de 1882 cambia de denominación y es elevada de jerarquía pasando a llamarse "Subprefectura de Bahía Blanca".
La primera persona que ejerce la autoridad marítima como Subprefecto del Puerto es el Teniente Coronel de Línea Don Daniel Cerri, bajo cuyo mando se construye durante el año 1883 el nuevo edificio sobre la calle Guillermo Torres, aledaño a las primeras estructuras portuarias que darían origen al Puerto de Ing. White.
A partir de 1970 se jerarquiza nuevamente la dependencia elevándola a la categoría de Prefectura de Bahía Blanca, desempeñando sus funciones específicas desde el año 1982 en su moderno edificio ubicado en el interior del puerto.
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Se inauguró un mural en la Plazoleta del Puerto // Mayo 2012
El 15 de mayo las 10:30 horas se inauguró un mural del pintor italiano Luigi Gallo en la plazoleta central del Consorcio de Gestión del Puerto de Bahía Blanca.
Primera promoción de la Diplomatura en Gestión de Puertos y Zonas francas // Mayo 2012
El martes 15 a las 20 horas se entregaron los certificados a la primera promoción de la Diplomatura en Gestión de Puertos y Zonas Francas en el Salón Libertador del Edificio Corporación. Esta instancia académica surgió a partir de un convenio de articulación entre el Curso de Diplomatura en Gestión Portuaria que dicta la Universidad de la Marina Mercante y el Curso Intensivo de Gestión de Puertos y Zonas Francas que dicta el Consorcio de Gestión del Puerto de Bahía Blanca, conjuntamente con Zona Franca Buenos Aires Sur S.A. (concesionaria de Zona Franca Bahía Blanca-Coronel Rosales).
Primera exportación de Dreyfus // Abril 2012
Louis Dreyfus Commodities inicia la primera exportación de cereales en la flamante planta que construyó en el sector de Cangrejales. El día viernes 20 de abril arribó el buque “Reborn" de bandera panameña, de 225 metros de eslora, para cargar 28.500 toneladas de porotos de soja con destino a China.
Asamblea general de Zona Franca Buenos Aires Sur S.A. // Abril 2012
El martes 17 de abril, en la Isla Cantarelli del Partido de Coronel Rosales, Zona Franca Buenos Aires Sur S.A. realizó la Asamblea General Ordinaria con el objeto de considerar la gestión del ejercicio 2011.
